Marruecos ha estado presente en las actividades de la Fundación desde su nacimiento. En 1999, la colaboración se artículo en el llamado Programa Al Mutamid. En años posteriores, el trabajo continuó y en 2005, gracias al apoyo de distintas instituciones de los dos países, el Programa inició una fase de consolidación. Las acciones crecieron siempre presididas por el mismo propósito; contribuir al conocimiento reciproco de las realidades sociales y culturales de España y Marruecos. Una serie de circunstancias favorecieron el trabajo del IITM, que encontró amparo en el pensamiento de la Alianza de Civilizaciones y en un nuevo concepto de la cooperación, que integraba educación y cultura en sus líneas estratégicas.

A partir de este momento, las acciones se diversificaron y buscaron la implicación de la sociedad civil, trabajando a favor del conocimiento mutuo, el diálogo intercultural, el respeto a los valores democráticos y la creación de espacios de reconocimiento y proyección de sectores sociales desfavorecidos o en riesgo de exclusión. El Programa, se sitúa entonces en un territorio compartido tanto por los que defienden una visión democrática, solidaria e igualitaria de la cooperación, como por los que creen en la necesidad de traducir los principios de la Alianza de Civilizaciones a acciones que beneficien a la ciudadanía.

De ahí que sus ámbitos de actuación hayan sido: Infancia (en cuyo ámbito se desarrolla La llegada del Otro… una acción en el ámbito educativo de los dos países que impulsa el conocimiento y el respeto a la diversidad, y en la que hoy participan más de 15.000 escolares de las Dos Orillas; o la celebración de eventos como el Festival Paraísos de Luna, que reunió en Casablanca y Rabat, a compañías de España y Marruecos, dedicadas al público familiar); Jóvenes (establecimiento de espacios de debate y formación); Discapacidad (puesta en marcha de acciones destinadas a la proyección social y artística de las personas con discapacidad); Mujer (en el tratamiento transversal de las acciones y en la dedicación de un espacio particular a partir de 2009); Creación e intercambio (impulso a los proyectos de creación y coproducción artística), Gran público (acciones dedicadas a proyectar a la ciudadanía los objetivos del programa a través de grandes manifestaciones como el Festival de las Dos Orillas celebrado en distintas ciudades de los dos países).

Para el desarrollo de todas las acciones, la Fundación IITM ha contado hasta la fecha con el apoyo de la AECID y el respaldo de numerosas instituciones de Marruecos. En 2008, el Programa Al Mutamid ha sido reconocido también por el Plan Nacional de Alianza de Civilizaciones.